为抓住饲料工业大发展的有利机遇，立争在激烈的市场竞争中发展壮大饲料研究所，重新确立饲料研究所在我区饲料行业中科研领军的地位，2009年初，饲料研究所结合实际，经反复酝酿讨论，制定出 “自主研发与纵横联合相结合”的发展方向。2009年3月，在当时挂职副院长董红敏亲自带领下，饲料所负责人带领相关科研人员，专程到北京中国农业科学院饲料研究所、畜牧兽医研究所和中国农业大学农业部饲料工业中心、中国农业大学工学院非粮型饲料资源检测与利用技术实验室等单位学习考察，就学科研究、项目合作、人才培养等方面与相关单位领导与专家进行了深入的沟通和交流，并就与中国农业科学院饲料研究所共建“中国农业科学院饲料研究所新疆饲料研究中心”事项达成了初步意向。2009年5月，王力俭院长、董红敏副院长带领院科管处、饲料研究所、草业研究所负责人又专程前往中国农业科学院饲料研究所，与该所负责人就共建新疆饲料研究中心的相关问题进行了更进一步的座谈。在前期多次商谈的基础上，我院与中国农科院饲料研究所共同签署了联合建立“中国农业科学院饲料研究所新疆饲料研究中心”协议书。
　　8月23日，在第六届全国畜牧兽医科研院所长年会暨新疆畜牧科学院第三届学术年会上，自治区人民政府副主席钱智和中国农业科学院副院长雷茂良共同为“中国农业科学院饲料研究所新疆饲料研究中心”揭牌，这是我院与中国农科院签署的第五个学科共建协议，这预示着中国农科院同我院的合作将迈上一个新的台阶。