根据新疆维吾尔自治区人民政府新政发[2009]87号文件《关于奖励2008-2009年度自治区科技进步奖特等奖获得者和获奖科技成果的决定》，我院共有三项成果获得2008-2009年度自治区科技进步奖，其中，《口蹄疫O型、AsiaⅠ型二价灭活疫苗的研制与应用》获二等奖，《新疆肉牛现代化生产技术体系研究与示范推广》、《新疆高致病性禽流感（H5N1亚型）防控技术研究与应用》获三等奖。
　　自治区高技术研究发展计划项目《口蹄疫O型、AsiaⅠ型二价灭活疫苗的研制与应用》经过4年多的试验研究与推广应用，获得国家颁发的新兽药注册证书和产品批准文号，建立了新疆口蹄疫O型、AsiaⅠ型二价灭活疫苗的GMP生产线，达到大规模产业化生产水平。疫苗质量和标准达到国际先进水平（OIE规定疫苗效力每剂量≥3PD50）。同时研制了一种口蹄疫疫苗新佐剂，使疫苗免疫效果优于国际通用的法国206佐剂等。目前，研制成功的二价灭活疫苗产品已广泛用于全国31个省市的牛羊口蹄疫免疫预防工作，解决了口蹄疫防疫工作中没有AsiaⅠ型和O型双价疫苗的关键技术难题，为我国现代畜牧业持续高效健康发展提供了强有力的科技支撑和技术保障。2005—2008年已生产疫苗70批，计8.2亿毫升，为农牧民节约防疫费用27726.5万元，节约运输费用212.5万元，仅此两项产生直接经济效益就达到27939万元。
　　《新疆肉牛现代化生产技术体系研究与示范推广》项目筛选了新疆牧区和农区生态条件的高档牛肉生产三元杂交优势组合，建立了不同区域特点的肉牛杂交生产模式，形成了天然草地放牧条件下优质牛肉生产关键技术集成体系；形成了综合化、系列化、科学化的肉牛工厂化标准体系。项目实施五年间，示范区、实施企业、育肥户新增效益5361.95万元。
　　《新疆高致病性禽流感（H5N1亚型）防控技术研究与应用》项目首次系统深入地在新疆地区开展了高致病禽流感流行病学研究、分子流行病学研究和疫源调查研究，查明了新疆高致病性禽流感的流行情况、感染家禽种类、季节流行特点、流行范围、流行态势等。筛选出了适合新疆地区的禽流感疫苗，制定了疫苗免疫程序，并在全疆培训和推广应用，全区累计用禽流感灭活疫苗3.79亿羽份。经济和社会效益极显著。（科管处）