2006年，在自治区党委、人民政府和畜牧厅党组的正确领导下，在上级各主管部门的支持帮助下，我院坚持科研与发展这个中心，落实科学的发展观，坚持以人为本，共建和谐、创新、平安的畜科院，全院上下团结拼搏，开拓创新，努力工作，精神文明建设等工作不断上新台阶。
      1、继续保持了“自治区级精神文明单位”荣誉；
      2、获得畜牧厅系统“基层保持共产党员先进性教育活动先进集体”荣誉；
      3、获得乌鲁木齐市“市级治安模范单位”荣誉；
      4、获得“乌鲁木齐市沙依巴克区‘四五’普法依法治理工作先进单位”荣誉；
      5、被乌鲁木齐市沙依巴克区命名为“2006年度沙区级卫生合格单位”；
      6、被乌鲁木齐市沙依巴克区命名为“花园式单位”；
      7、获得“友好北路地区2006年度人口与计划生育目标完成先进单位”荣誉；
      8、获得“友好北路地区2003—2005年市民文明学校教育工作先进集体”荣誉。