近年来，SARS、高致病性禽流感、疯牛病、莱姆病等新的人畜共患断出现，狂犬病、结核病、血吸虫病、日本乙型脑炎等人畜共患“旧病”又卷土重来，使人们不禁重新思考人畜共患病问题的严重性；而二恶英事件、苏丹红事件、大肠杆菌O157中毒、瘦肉精中毒等食品安全事件频频发生，动物源性食品安全问题成为人民高度关注的焦点。兽医公共卫生是以兽医学的知识和资源直接为人类健康服务的，在目前的形势下，兽医公共卫生学所面临的问题和挑战十分严峻，必须重新认识、重视并充分发挥兽医公共卫生在人畜共患病和动物源性食品安全方面的重要防线作用，加强在科学技术和行政法规方面的研究，保障国家经济健康发展、社会安定和人民健康。 
    （一）原有的人兽共患病发病率和致死率呈上升趋势 
    近年来，不仅大肠杆菌等细菌性疾病发病率上升，某些病毒性和寄生虫性人畜共患病的发病也出现增多。其中引人注目的是狂犬病问题，狂犬病是由狂犬病病毒引起的人兽共患传染病，是迄今为止人类病死率最高的急性传染病，一旦发病，死亡率高达100%。在我国狂犬病曾一度得到比较好的控制，但近年来狂犬病商情回升较快。从新中国成立至今，我国狂犬病出现3次流行高峰，上世纪70年代末和80年代是我国狂犬病报告病例高发的时期。2004年和2005年的报告发病数明显增多，分别为2651例与2571例，形成第三次流行高峰，而且呈增长趋势。2006年1－9月全国累计报告发病数为2254例，比去年同期上升29.69%。目前全国狂犬病病例主要分布在长江以南的地区，部分地区在若干年无疫情后，也开始出现狂犬病的病例，而且有周边地区扩散的趋势。2006年6月下旬，云南省牟定县发生狂犬病，7个乡镇、12个村委会17个自然村出现狂犬病疫情，43人被犬咬伤，4人被诊断为狂犬病。此外，还有40头（只）牲畜犬咬伤。 
    除了狂犬病外，血吸虫病出出现回升，并且疫情形势仍十分严峻。此外，随着南水北调工程的进行，加之全球气候变暖，钉螺污染水系可能有向北扩散的趋势。 
    另外，布鲁氏菌病、流行性乙型脑炎、结核等曾得到有效控制的人兽共患传染病，近年来发病率也有回升趋势。 
    （二）新的人畜共患病病原体出现或病原体宿主谱改变 
     以高致病性禽流感H5N1为代表的新出现的人畜共患病，严重地威胁着畜牧业和人类的安全。 
    此外，SARS、疯牛病、新型汉坦病毒、亨德拉病毒、尼帕病毒、猴痘病毒和西尼罗病毒等新病原体出现或感染新的宿主，成为新的人畜共患病，给人类带来了严重的威胁。 
    （三）动物源食品存在着较多的安全隐患 
    目前我国的食品卫生状况总的来看还是比较好的。在《食品卫生法（试行）》的前的1982年，我国食品卫生监测总体合格率为61.5%在《食品卫生法》实施后，1994年、2000年和2002年，食品卫生监测总体合格率分别达到了82.3%、88.9%和93.4%。2005年全国28个省、市、自治区抽检的21类食品平均合格率为87.49%，其中水果、饮料、果冻、保健食品四类的合格率达98.8%。可以看出，我国食品隔行从20世纪80年代初到90年代中期，经历了一个迅速提高期，90年代中期后进入了稳步提高期，在2003年一季度还达到97.1%在食品中毒事件中，微生物引起的食源性疾病仍是影响食品安全的主要因素，细菌造成的中毒事故占绝大多数，达到98.5%。 
    除了微生物引起的食源性疾病外，养殖业的源头污染也威胁着食品的安全。其中，兽药和添加剂等禁用化学物质对食品源头的污染是主要问题，表现为经营者违法使用抗生素、激素等兽药；违法使用瘦肉精等饮料添加剂等问题。 
    动物性食品生产、加工、储存、流通、消费等各个环节，即所谓的从农场到餐桌这一全过程中，病原微生物或致病因子、残留抗生素或其他兽药、饲料添加剂等对人类健康的影响，已成为的食品安全的重要问题。 
    （四）规模化畜禽养殖场对周围环境污染问题 
    据最近国家环保局对23个省、市规模化畜禽养殖业污染情况调查，80%的规模化养殖场建在人口密集区域；90%的畜禽养殖未通过环境影响评估；80%左右的规模化畜禽场缺乏必要的污染治理投资，直接对环境造成巨大的危害。 
    随着家畜（禽）高密度集约化饲养和其他畜牧业方式的改变、人类和动物生活环境的逐渐逼近、动物及动物产品国际间的频繁流动、人类活动对动物栖息地和自然生态的改变破坏、气候和其他环境因素对野生动物种群和它们之间相互关系的影响，多年自然进化形成的人、动物和病原体之间的相对稳定状态被破坏，使人的健康时刻受新的感染性疾病的威胁，加之环境毒物、抗生素的滥用等问题不断加剧，兽医公共卫生学面临着前所未有的严峻挑战。 
    兽医公共卫生学是利用一切与人类和动物健康问题有关的理论知识、实践活动和物质资源，研究生态平衡、环境污染、人畜共患病、动物源性食品安全、实验动物比较医学以及现代生物技术与人类健康之间的关系，从而为人类健康事业服务的一门综合性应用学科，其涉及范围广泛，包括生态平衡和环境污染与人类健康、人畜共患病的监测、预警预防和控制、动物防疫检疫与食品的安全性、动物医学实验为人类保健服务等诸方面，是以兽医领域技术和资源直接为人类健康服务的。 
    面对兽医公共卫生学问题上的新局面、新挑战，为了防止兽医公共卫生问题的发生，首先必须建立，完善兽医公共卫生的法律法规，建立线面结合的长效防控机制，加强各部门的密切配合，完善兽医公共卫生问题应急预案，完善具有独立执法能力的防疫队伍建设，加强执法能力；加强兽医公共卫生的基础研究和人员的培训，发展检测和监测新技术，建立预测和预警机制；成立中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学会分会，组织兽医公共卫生研究领域的机构和科研人员，对本学科领域的问题进行集中研究、探讨和攻关，为国家经济健康发展、社会安定和人民健康保驾护航。