新农村建设进程中，现代化畜牧业发展前景广阔。同时，也面临严峻挑战。新形势下，如何突破瓶颈，打好科学发展现代畜牧业的基础，辩证处理好三个关系十分重要。
    正确处理好生产发展与动物防疫的关系。畜牧生产发展和动物疫病防控是一个辩证统一的关系。落后的畜牧生产方式传播疫病，现代先进的生产方式有利于疫情防控。在当前动物疫病污染面比较广、畜产品大流通、甚至候鸟也可能传播疫病的情况下，落后的养殖方式很容易引致疫病发生。而标准化的现代生产方式是有效防控动物疫病、阻断人畜共患病向人间传播的根本途径。因此畜牧产业发展和动物防疫并不矛盾，只要把握两者内在的规律，坚持按规律办事，充分发挥主观能动性，两者相辅相成。
    正确处理好产业发展与环境保护的关系。从根本上说，畜禽排泄物是一种资源，既可以直接作为种植业的肥料，也可以经过适当处理，转变为有机肥、沼气和生物蛋白，只有在放错地方、无法利用的情况下才变成污染源。因此，畜牧业本身也不是污染产业，只有无序发展的畜牧业才会污染环境。近几年，一些畜牧业主产区没有有效治理粪便，破坏了养殖场周围水源、空气、村庄的清洁，究其原因，主要是缺乏前期规划和后续治理，畜禽排泄物超过了外部环境和设施的消纳能力，打破了生态的平衡。只要我们坚持生态优先，科学规划，适度发展，种养结合，控制畜禽排泄量和外部消纳量平衡，畜牧产业的发展和生态环境的保护必然会和谐共生。
    正确处理好应急防疫和长效防控的关系。从自然规律看，只要畜牧业存在，动物疫病也必然长期存在，甚至会层出不穷地发生新疫病，如果只依靠应急防控，永远处于被动，只有坚持预防为主，实施长效防控，才能掌握动物防疫工作的主动权。新时期的动物疫病防控必然由应急防控为主转向长效防控为主、应急防控为辅。长效防控工作基础打好了，应急防控工作就会逐步减少，即使在突发疫情时需要启动应急程序，也会更加有力、有序、有效，起到事半功倍的效果。要依靠科技创新，应用科学的免疫程序、消毒措施、防疫设施，提高防疫科技水平。