近年来，玛纳斯县坚持“生态立县”方针，做到经济发展与生态环境建设两手抓、两不误、两促进，实现了经济社会全面协调可持续发展。
    一是加强天然草原生态保护工作。建立完善了草畜平衡制度，依法开展以草定畜、生态灭蝗等工作，2005年查处草原违法案件23件，引进珍珠鸡5000只在蝗灾区进行生态治蝗，取得良好效果。
    二是发展生态农业。该县开展了以残膜回收为主要内容得的“环保净田”工程，通过分解任务、落实奖惩、年底考核等形式在全县范围内开展残膜回收工作，2005年该县回收残膜1000余吨。同时积极推广节水灌溉新技术、推广面积60万亩，亩均灌溉定额由过去的500—600立方米降至现在的400立方米。 
    三是建设有机食品、无公害绿色产品基地。制定了《玛纳斯县发展有机食品建设实施意见》，开展了建设有机食品和无公害绿色食品基地活动，目前已有5个乡镇3种食品被自治区批准为无公害农产品生产基地和无公害农产品。
    四是发展循环经济。该县以企业为重点，开展了循环经济试点工作，针对澳洋科技日排放5万立方米工业废水的问题，该县在督促指导企业完成废水处理工程后，又尝试利用废水对北部沙漠地区进行生态建设，取得了很好的社会效益。2006年，玛纳斯县被确定为自治区首批综合生态管理3个示范试点县之一。